NETVERSYS ist auch bei der Wahl der Datenbank flexibel. Es werden fast alle im Markt befindlichen relationalen Datenbanken unterstützt. Der Kunde entscheidet also selbst ob er NETVERSYS auf der gleichen Datenbank fährt wie sein ERP System oder ob er ein anderes Produkt wählt.

Die Standardauslieferung von NETVERSYS ist mit einem MySQL Server. Dieser kann ohne Kosten bei Kunden installiert werden und ist auf verschiedenen Platformen verfügbar. Falls der Kunde eine Installation auf anderen kommerziellen Datenbanken wünscht, so muss der Kunde die entsprechen Lizenzen haben, oder diese seperat erwerben. Es ist auch möglich ein Bundle einer kommerziellen Datenbank mit NETVERSYS zu erwerben und somit ggf. günstigere Konditionen zu bekommen.